防水卷材在防水施工中根據防水基層的形狀進行量體截衣，對于外形復雜的基層需多塊拼接，防水卷材相互搭接處的粘結難度較大，由于多塊拼接影響防水層的美觀。完全絕對的密封將成為防水卷材主要難題，漏水隱患最大、機會最多的就是卷材的搭接部位。高檔次的防水卷材具有幾十年的耐用久性，但國內目前尚少與之相匹配的粘結劑，由于環境和粘結材料自身等因素往往提前失去粘結功能，由此而導致的防水失敗將不言而喻。 

      對于那些具有混凝土保護層的防水層，盡管外部機械性穿剌不再有可能，但是如沿溝等部位不適合再做保護層;沿溝等部位由于下水道堵塞等原因長期積水的可能性較大，其間防水層的水密性不得有絲毫缺陷;因此沿溝部位卷材防水成功的機會較少;沿溝由于形狀復雜，過水洞，出水口等部位的密封難度較大，卷材防水也成為技術上的關鍵;又由于沿溝中生活和生產廢水的結聚，其中有害成份加速卷材粘結材料的分解、老化、甚至失效。

      防水卷材在施工后的保護和漏水后的維修亦是難題，裸露在外的防水層對外來的機械性損傷的預防十分重要，防水卷材與基層的粘結無論是滿鋪、點鋪、條鋪、空鋪，卷材與基層之間都將是走水層，不管任何部位的貫穿性破損，脫膠、漏膠(那怕是只有一處)，整個與其相連貫層面的防水功能都將全部衰失，如果不能找到破損和缺陷部位，則局部的修補就不可能，那么只有重做防水層。